不同物种间可以进行基因编辑，例如现在在动物实验中常用的荧光蛋白标记法。但是基因编辑需在实验前进行大量的文献查阅，确认蛋白能否在动物体内正常表达，相关酶、运载体等是否可行。

胚胎干细胞虽然应用前景广泛，但基因编辑对于基因库的改变尚且处于观望状态，而且对于胚胎干细胞的发育环境尚不清楚，在何种条件下会诱发胚胎干细胞朝哪一方向分化仍需要大量的实验研究。同时胚胎干细胞体外产生的组织器官进入人体后的免疫反应以及增值分裂情况也同样有待商榷。