附睾分头、体、尾三部，头部主要由输出小管组成，体部和尾部由附睾管组成。

输出小管与睾丸网相连，上皮有高柱状纤毛细胞及低柱状细胞相间排列构成。前者游离面有大量纤毛，纤毛摆动可以促使精子向睾丸管运行；后者含有大量溶酶体和吞饮小泡，可吸收和消化管腔内物质。

附睾管极度盘曲，上皮为假复层纤毛柱状，由主细胞和基细胞构成。主细胞表面有粗而长的静纤毛，有分泌和吸收功能；基细胞位于上皮深层。上皮外侧有平滑肌和富含血管的结缔组织。血-附睾屏障主要位于主细胞的近腔面，保护成熟中的精子，并与免疫系统隔离。