1、诱导多能干细胞在体内的分化机制不明确

诱导多能干细胞移植到体内后的再分化机制不明确，有报道诱导多能干细胞自体移植具有免疫原性，利用诱导多能干细胞技术可在体外将细胞诱导分化为所需的靶细胞，但将分化后的细胞移植入体内后其如何分化及分化机制仍知之甚少，故仍需进一步研究诱导多能干细胞胞定向分化机制。因此，难以评价移植后诱导多能干细胞的效率。

2、细胞基因结构变异风险增加

虽然诱导多能干细胞技术增加了干细胞的来源，但也增加了细胞变异的风险，从而影响诱导多能干细胞的安全性。在诱导过程中也会出现一些变异，有些体细胞会在诱导过程中受损，诱导本身也会导致拷贝变异增加，同样培养的时间越长变异的积累也会越多。

3、诱导因子的具有致癌性

研究发现，诱导多能干细胞技术中用到的6个诱导因子(Oct3/4、Sox2、c-Myc、Klf4、Lin28、Nanog)，除Lin28还未发现与肿瘤发生有关外，其余5个都是癌基因，其过表达常与肿瘤有关，通过这几个因子诱导得到的多能干细胞是否也具有致癌性令人生疑。