1.最可能诊断：流行性乙型脑炎，夏季，5岁男，急起持续性高热6天，意识障碍昏迷抽搐1天，颈强直、皮肤无瘀点、瘀斑，白细胞升高，脑脊液清亮，蛋白质轻微升高，糖和氯化物正常

2.进一步检查：

CSF病原学检查：包括病毒PCR（如单纯疱疹病毒、肠病毒等）、细菌培养和抗原检测。
脑部影像学检查：如头部CT或MRI，排除其他中枢神经系统疾病，如脑炎、脑肿瘤等。
血液病原学检查：包括血液培养和病毒血症检测。
其他相关检查：如电解质、肝肾功能测试等，评估患者的整体状况。

3.治疗措施：

抗病毒治疗：在病原体未明确之前，可以考虑经验性使用抗病毒药物，如阿昔洛韦。
支持性治疗：包括维持水电解质酸碱平衡，控制发热和抽搐。
监测和对症治疗：密切监测生命体征和神经系统状况，必要时进行呼吸支持和抗癫痫治疗，重点在于防治高热、呼吸衰竭、抽搐。