1.伤寒杆菌随血流进入肝，脾，胆囊，肾和骨髓后继续大量繁殖，再次进入血流，引起第二次严重菌血症并释放强烈的内毒素，产生发热，全身不适等临床症状，出现皮肤玫瑰疹和肝，脾肿大等，此时相当于病程的第1～2周，毒血症状逐渐加重，血培养常为阳性，骨髓中伤寒杆菌最多，持续时间较长，故培养阳性率最高。病程第2～3周，伤寒杆菌继续随血流散播至全身各脏器与皮肤等处，经胆管进入肠道随粪便排出，经肾脏随尿液排出，此时粪便，尿液培养可获阳性。经胆管进入肠道的伤寒杆菌，部分穿过小肠粘膜再度侵入肠壁淋巴组织，在原已致敏的肠壁淋巴组织中产生严重的炎症反应和单核细胞浸润，引起坏死，脱落而形成溃疡，若波及病变部位血管可引起出血，若侵及肌层与浆膜层则可引起肠穿孔，此外，伤寒杆菌也可在其他组织引起化脓性炎症如骨髓炎、肾脓肿、胆囊炎、脑膜炎、心包炎等。病程第4周开始，人体产生的免疫力渐次加强，表现为体液免疫和细胞免疫功能增强，吞噬细胞作用加强等，伤寒杆菌从血流与脏器中逐渐消失，肠壁溃疡渐趋愈后，疾病最终获得痊愈。少数病例可能由于免疫功能不足等原因，潜伏在体内的伤寒杆菌可再度繁殖并侵入血流引起复发。

2.肥达试验

对未经免疫者，"0”抗体的凝集效价在1/80及“H”抗体在1/160或以上时，可确定为阳性，有辅助诊断价值，通常在病后1周左右出现抗体， 第3~4周的阳性率可达70%以上，效价亦较高，并可维持数月。应用标准试剂检测，评价肥达试验结果，应注意“同时高”("0”抗体与“H”抗体同时增高)、“步步高”(每5~7日复检，抗体效价4倍增高)，方有诊断价值。"Vi"抗体检测可用于慢性带菌者的调查，如“Vi”抗体效价平稳下降，提示带菌状态消除。亦有一些带菌者“Vi”抗体阴性。

3.再燃：部分患者于缓解期,体温还没有下降到正常时,又重新升高,持续5~7天后退热,称为再燃。此时血培养可再次出现阳性。再燃时症状加剧,可能与抗菌治疗不当,菌血症仍未被完全控制有关。有效和足量的抗菌药物治疗可减少或杜绝再燃。

复发：指退热后1~3周，临床症状再现，血培养再度阳性。原因是免疫能力低，潜伏在病灶中巨噬细胞内的伤寒杆菌繁殖活跃，再次侵人血流而致。多见于抗菌治疗不彻底的患者。个别患者可有多次复发，复发病情一般较初发轻，病程短，并发症较少。