（1）考虑流行性乙型脑炎的诊断可能性大

依据：患者为5岁男童，夏季发病，有急起持续性高热、意识障碍昏迷抽搐等典型症状，且体查发现颈强直。脑脊液检查结果显示脑脊液清，白细胞数量稍高，蛋白含量升高，糖含量正常，氯化物含量正常，这符合流行性乙型脑炎的脑脊液改变特点。

（2）为明确诊断，还应进行以下检查项目：

血清学检查：检测流行性乙型脑炎病毒特异性抗体，如IgM抗体，有助于早期诊断；血凝集抑制试验；

病原学检查：如病毒分离、核酸检测等，可直接证实病原体感染。

（3）针对该患者的治疗措施包括：

高热治疗：物理降温为主，药物降温为辅

抽搐治疗：去除病因（脑水肿所致者以脱水为主、因呼吸道堵塞致脑细胞缺氧者以吸痰给氧为主、因高热所致者以降温为主、因脑实质病变引起者使用镇静剂）

呼吸衰竭治疗：根据病因给予及时治疗

恢复期后遗症处理：理疗、针灸、功能训练、高压氧治疗