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细菌性痢疾的发病机制主要涉及到志贺菌这一病原体。志贺菌经口进入人体后，首先穿越胃酸屏障，然后侵袭并生长在结肠粘膜上皮细胞。它们通过基底膜进入固有层，在其中繁殖并释放毒素。这些毒素会引发炎症反应和小血管循环障碍，炎性介质的释放会进一步促进志贺菌的侵入，并加重炎症反应，最终导致肠粘膜的炎症、坏死及溃疡。此外，志贺菌释放的内毒素入血后，可以引起全身反应，如发热、毒血症等，甚至引起急性微循环衰竭，导致感染性休克、dic（弥散性血管内凝血）及重要脏器功能衰竭。
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慢性细菌性痢疾的治疗原则主要包括以下几个方面：
- 一般治疗：注意饮食卫生，避免过度劳累和紧张。有肠道寄生虫的应进行驱虫治疗，并纠正贫血，提高机体的免疫功能。对于急性发作且大便培养阳性者，需要隔离治疗。
- 抗菌治疗：对于粪便培养细菌阳性的患者，应选用敏感药物进行治疗。疗程通常为14天，并可能需要重复两到三个疗程。但需注意防止肠道菌群紊乱，如有必要，可采用药物保留灌肠的方法。对于肠道检查有病变的患者，可以采用抗菌药物或清热利湿类中药保留灌肠。
- 其他辅助治疗：针灸、理疗和中医辨证论治等方法也有助于慢性菌痢的康复。同时，可以使用免疫调节剂来巩固治疗效果。