细菌性痢疾与阿米巴痢疾虽然都是痢疾，都有明显的消化道症状，但二者是差异较大的两种不同的疾病，明确区分这两种疾病才可以对症治疗和有针对性的用药。二者的主要区别如下：
- 患者的发病原因不同：引起细菌性痢疾的病原体是痢疾杆菌，属于细菌；而阿米巴痢疾是溶组织阿米巴引起的，属于寄生虫。
- 临床表现不同：细菌性痢疾以结肠的化脓性和溃疡性炎症为基本的病理改变，临床以发热、腹痛、粘液和脓血便等为特征。 阿米巴痢疾病变主要在盲肠（位于人肚脐右下方大肠的起点）和升结肠（和盲肠相连的结肠的上升阶段）。临床表现以腹痛、腹泻、排暗红色果酱样大便为特征，易于变为慢性病，有复发的倾向，并易于发生肝脓肿、肠出血、肠穿孔和阑尾炎等并发症，对人体的危害比细菌性痢疾要大。
