病原不同：细菌性痢疾病原体是痢疾志贺菌，阿米巴痢疾的病原体是溶组织内阿米巴

流行病学特征不同：阿米巴病多为散发，痢疾则有可能有流行

全身症状不同：细菌性痢疾全身症状较重，多有发热，毒血症明显；阿米巴痢疾全身症状轻微，多不发热，毒血症较少。

胃肠道症状不同：细菌性痢疾腹痛重，有里急后重，大便频率＞10次/天；阿米巴痢疾腹痛轻，没有里急后重，腹泻次数为数次/天

腹部压痛：菌痢腹部压痛在左下腹，阿米巴痢疾腹部压痛在右下腹。

粪便检查结果不同：菌痢粪便量少，为粘液脓血便，胶冻状，满视野大量成堆白细胞，散在红细胞；阿米巴痢疾大便量多，暗红色果酱样便，有腥臭。镜检成串陈旧红细胞，少量白细胞，常有夏科雷登晶体，能发现阿米巴滋养体

便细菌培养结果不同：菌痢培养志贺菌阳性，阿米巴痢疾培养志贺菌阴性。

结肠镜检结果不同：菌痢肠粘膜弥漫性充血水肿，浅表溃疡；阿米巴痢疾散在溃疡，烧瓶样，溃疡间黏膜正常。