诱导性多能干细胞治疗人类疾病仍然需要克服许多关键障碍，比如，添加4个“重新编程”基因或取代疾病细胞中有缺陷基因的方法都可能有导致癌症的副作用。由于iPS细胞自身的安全性问题，到2012为止，iPS细胞还无法应用于临床治疗，要得到安全实用的有临床应用价值的治疗型iPS细胞，必须避免使用整合性病毒以及有致癌性的外源基因。根据iPS细胞在短时间内取得的一系列突破，可以预见，iPS细胞必将解决人类面临的各种疾患。但是还面临许多急待突破瓶颈和需要深入研究的领域。