生殖系统的主要器官均起源于间介中胚层

卵巢的发生：女性胚胎细胞的性染色体为XX，无Y染色体，故其未分化性腺自然发育为卵巢。人胚第10周后，性腺在向卵巢发生过程中，初级性索退化，被基质和血管代替，成为卵巢髓质。未分化性腺的表面上皮增生，再次向间充质伸入，形成次级性索，又称皮质索。皮质索与上皮分离后构成卵巢皮质。上皮下的间充质形成白膜。第3~4个月时，皮质索断裂，形成许多细胞团。细胞团中央为原始生殖细胞分化成的卵原细胞，周围是一层由皮质索上皮细胞分化成的扁平的卵泡细胞，二者构成原始卵泡。卵原细胞继续增殖，原始卵泡也分裂增多。胎儿出生时，两侧卵巢中有70万~200万个原始卵泡，其中的卵原细胞已分化为初级卵母细胞，并停留在第一次减数分裂的前期。

女性生殖管道的分化：卵巢形成后，由于缺乏雄激素，中肾管退化；同时亦无抗中肾旁管激素的抑制作用，中肾旁管进一步发育。其上段和中段演化为输卵管，起始端以漏斗形开口于体腔形成输卵管漏斗部；下段左、右合并后，演变为子宫及阴道穹隆部。窦结节增生延长，形成阴道板。第5个月时，阴道板演化成中空的阴道，上端与子宫相通，下端以处女膜与阴道前庭相隔。

女性外生殖器的分化：无雄激素作用，外生殖器自然分化为女性。生殖结节稍增大为阴蒂。左、右尿生殖褶发育为小阴唇。两侧阴唇阴囊隆起继续增大隆起，形成大阴唇，其头端合并为阴阜，尾端合并形成阴囊后联合。尿生殖沟扩展，参与形成阴道前庭。