细菌性痢疾和阿米巴痢疾的主要鉴别点在于病原体不同。细菌性痢疾是由痢疾杆菌引起的，表现为结肠化脓性溃疡和炎症，患者容易出现腹部疼痛、脓血便、腹部压痛等症状。阿米巴痢疾则是由溶组织阿米巴引起的寄生虫感染，主要发生在盲肠和升结肠部位，患者容易出现腹泻、大便暗红色、果酱色等症状。

鉴别方法主要包括：

1. 粪便常规检查：通过观察粪便外观、显微镜下观察虫体和细菌等指标进行初步判断。

2. 粪便培养：分别培养粪便样本，观察培养结果，细菌性痢疾的粪便培养中可检测到痢疾杆菌，而阿米巴痢疾的粪便培养中可检测到阿米巴病原体。

3. 电子结肠镜检查：通过内窥镜观察肠道病变部位和程度，有助于鉴别诊断。