细菌性痢疾和阿米巴痢疾可以从多个方面进行鉴别：
病因：细菌性痢疾是由痢疾杆菌引起的，病变多局限在结肠，常经粪口传播。而阿米巴痢疾是由阿米巴寄生在结肠引发的疾病，病变多在近端结肠、盲肠，常经口传播。
症状：细菌性痢疾的急性发作期通常有发热、头痛、身体乏力及腹痛、肠鸣音亢进等症状，伴有里急后重感。而慢性细菌性痢疾的病程较长，可能会有持续的肠道不适，如腹痛、腹泻、便秘、腹胀等。阿米巴痢疾则多有潜伏期，典型者粪便呈果酱样，有腐臭，可能会伴有腹痛，但通常没有里急后重感。
检查结果：细菌性痢疾检查时可能会发现肠黏膜上附着有假膜，这是由纤维素渗出形成的。而阿米巴痢疾患者做粪便涂片时可能会发现有阿米巴滋养体。