1、病原体不同:细菌性痢疾主要由痢疾杆菌感染引起；阿米巴痢疾是由溶组织内阿米巴感染导致， 可以进行血常规、大便常规、细菌培养等检查明确。 

2、症状不同:细菌性痢疾起病急，伴有中度毒血症表现，可能出现发热、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、先为稀水样便，1-2天后转成脓血便，每日排便数十，量少等症状；阿米巴痢疾一般起病缓慢，以腹痛、腹泻开始，大便次数逐渐增加，便时有腹痛、里急后重感，可能伴有大便带血和黏液， 多呈暗红色或紫红色，糊状，具有腥臭味等症状。