细菌性痢疾的病原体是志贺菌，而阿米巴痢疾的致病原是溶组织内阿米巴。 通过检查患者的粪便以及呕吐物，在其中寻找病原体或者进行病原体的培养

细菌性痢疾：急起发热、畏寒、腹痛、腹泻、里急后重、粘液脓血便、粪质少，左下腹压痛、血中白细胞、中性粒细胞增多，粪便镜检有大量红细胞，白细胞、脓细胞、痢疾杆菌培养阳性

阿米巴痢疾：起病缓慢、全身中毒症状轻、少发热、解粘液血便或果酱样便，粪质多，有腥臭味，伴腹胀或轻中度疼痛，右下腹部压痛为主。粪便涂片可发现滋养体和包囊