该例病人最可能的诊断为晚期血吸虫性肝硬化伴脾功能亢进。

解析：
患者中年男性，有腹痛、腹胀、发热的症状，且病程较长为3个月。查体显示脾肿大，腹部移动性浊音阳性，提示存在腹水。血常规显示嗜酸性粒细胞轻度增多，三系（红细胞、白细胞、血小板）下降，这通常与脾功能亢进有关。血清白蛋白明显降低，白球比例倒置是肝硬化的常见生化改变。血吸虫ELISA阳性表明存在血吸虫感染。肝脏B超示肝可见网络样改变，这是血吸虫性肝硬化的典型影像学表现。综合以上信息，最可能的诊断是晚期血吸虫性肝硬化伴脾功能亢进。

对于病人病程中曾经出现的头痛、癫痫发作和一过性意识障碍，应考虑的病因是血吸虫脑病。这是因为血吸虫不仅影响肝脏和脾脏，还可以通过血液传播至其他器官，包括脑部。当血吸虫侵入脑组织时，可能引发炎症反应和神经系统损害，从而导致头痛、癫痫发作和意识障碍等症状。血吸虫脑病是血吸虫病的一种严重并发症，需要紧急处理。