病原体：细菌性痢疾的病原体是痢疾杆菌，属于志贺氏菌。而阿米巴痢疾则是由阿米巴原虫引起的溶组织内阿米巴感染。这两种疾病的病原体不同，因此可以通过病原体的检测来进行鉴别。
临床表现：细菌性痢疾的症状可能包括发热、腹痛、腹泻以及排出黏液脓血便。而阿米巴痢疾的症状则包括粪便中有包囊排出、腹痛、腹胀、便血以及果酱样便等。这两种疾病的临床表现也有所不同，因此可以通过观察症状来进行初步的鉴别。
实验室检查：对于细菌性痢疾，通过大便常规检查可以看到大量的脓细胞、白细胞等，且大便培养到痢疾杆菌即可确诊。对于阿米巴痢疾，可以通过取患者的大便或部分肠道组织进行病原学检查，在显微镜下观察到阿米巴滋养体即可确诊。此外，免疫学检查如抗体检测或免疫荧光试验阳性也可支持阿米巴痢疾的诊断。