1.革兰氏阳性球菌：以金黄色葡萄球菌最为常见，在医院内感染者表皮葡萄球菌也不少见，其他还有肺炎球菌及溶血性链球菌，后者常引起新生儿败血症。另外D组链球菌（肠球菌）以易并发心内膜炎而引起关注。

2.革兰氏阴性杆菌：以大肠杆菌最为常见，其次为肺炎杆菌、肠杆菌（产气杆菌、凝团杆菌等）、绿脓杆菌、变形杆菌、枸橼酸杆菌及沙雷菌等。

3.厌氧菌：主要为脆弱杆菌、消化球菌与消化链球菌、产气荚膜杆菌等。目前报道厌氧菌败血症占败血症总数的10%左右，但由于厌氧菌培养技术较为复杂，故实际发生率可能更高。

4.真菌：主要为白色念珠菌，其次为曲菌与毛霉菌。

治疗原则包括早期诊断与治疗、有效控制感染源、合理应用抗生素、维持血流动力学的平稳、纠正血液失衡与代谢紊乱、支持治疗与器官功能的维持。