1.细菌性痢疾引起的全身性症状较重，多有发热，毒血症明显；阿米巴痢疾则比较轻微，多不发热，毒血症少见。
2.细菌性痢疾引起的腹痛重，里急后重，便多；阿米巴的腹痛轻，无里急后重，腹泻次数少。
3.细菌性痢疾的腹痛多见于左下腹；阿米巴则为右下腹。
4.细菌性痢疾的粪便量少，粘液脓血便，视野里有大量的红细胞；阿米巴的粪便量多，暗红色果酱样便，腥臭，镜检大量红细胞，少量白细胞，可见夏柯雷登结晶，有阿米巴滋养体。
5.细菌性痢疾细菌培养志贺菌阳性；阿米巴则阴性。
6.细菌性痢疾结肠镜肠黏膜迷茫性充血，水肿，浅表溃疡；阿米巴则散在溃疡，烧瓶样，溃疡间粘膜正常。