晚期血吸虫病并发脾肿大和腹水。理由如下：

• 安徽地区为血吸虫病流行区域，患者有腹痛、腹胀、发热的症状。
• 体检发现脾脏增大（脾肋下4cm）和腹部移动性浊音阳性，提示有腹水存在。
• 血常规显示嗜酸性粒细胞轻度增多，三系下降（即白细胞、红细胞、血小板减少），这在晚期血吸虫病中常见。
• 血清白蛋白明显降低和白球比例倒置，是营养不良和肝功能受损的表现，与血吸虫病导致的肝脏损害相符。
• 血吸虫ELISA阳性，直接指向血吸虫感染的诊断。
• 肝脏B超示肝可见网络样改变，是血吸虫肝病的典型影像学表现。

病程中出现的头痛、癫痫发作和一过性意识障碍，应考虑的病因主要是：

脑血吸虫病。血吸虫病可以通过血液循环侵犯中枢神经系统，引起一系列神经系统症状，包括但不限于头痛、癫痫、意识障碍等。脑血吸虫病是血吸虫感染的严重并发症，特别是在慢性或晚期病例中较为常见。