细菌性痢疾急性发作时，起病急骤，多有发热、头痛、身体乏力及腹痛、肠鸣音亢进等症状，伴有里急后重、腹泻等。而慢性细菌性痢疾多病程较长，可能持续数月或数年，患者会出现不同程度肠道不适，如腹痛、腹泻、便秘、腹胀等，大便可有黏液、脓血等。

阿米巴痢疾则多有潜伏期，从3周到数天不等，部分患者没有不适症状，多数患者可有腹痛、腹泻、黏液脓血便等，大便多呈果酱样，且有腥臭味，盲肠、升结肠处有压痛。严重时会有中毒症状、虚脱、肠出血、肠穿孔等；