如果把中间产物的氧化理解为彻底氧化成CO2和H2O， 那么，三羧酸循环的中间产物不能直接通过该循环被氧化。 因为循环起点是乙酰CoA和草酰乙酸，一个循环结束，只消失了乙酰CoA，更确切地说，消失了乙酰基团，CoA重生。 乙酰基团中的两个C变成了CO2， 还有4对H的生成（这几对氢会经呼吸链最终与氧结合生成水）。 中间产物没有变化，起催化剂的作用。
理论上，一个草酰乙酸分子就可以参与无限次三羧酸循环，让无数个乙酰CoA被氧化，当然，这样效率太低，所以，草酰乙酸要有一定的量。

另一方面，三羧酸循环的中间产物是可以通过该循环氧化的（非彻底氧化，也不必走完整循环路径），比如α-酮戊二酸的氧化，就是经TCA cycle氧化为草酰乙酸，这中间有三次脱氢一次底物水平磷酸化， 但草酰乙酸再继续氧化，就必须先变为乙酰CoA, 再进入TCA cycle 彻底氧化。