细菌性痢疾和阿米巴痢疾可以从以下三个方面进行鉴别：

1. 病因：细菌性痢疾是感染痢疾杆菌所致，病变多局限在结肠，常经粪口传播。阿米巴痢疾是阿米巴寄生在结肠引发的疾病，病变多在近端结肠、盲肠，常经口传播。
2. 症状：急性细菌性痢疾起病急骤，多有发热、头痛、身体乏力及腹痛、肠鸣音亢进等症状，伴有里急后重、腹泻等。慢性细菌性痢疾的病程较长，患者会出现不同程度肠道不适，如腹痛、腹泻、便秘、腹胀等，大便可有黏液、脓血等。阿米巴痢疾的潜伏期较长，通常为3周到数天不等，部分患者没有不适症状，多数患者可有腹痛、腹泻、黏液脓血便等，大便多呈果酱样，且有腥臭味。
3. 检查结果：细菌性痢疾检查时可发现肠黏膜上附着有假膜，是由纤维素渗出形成的，如果假膜脱落，可出现形状不规则的溃疡，还可通过细菌培养、大便常规等发现白细胞升高或检测到志贺杆菌。阿米巴痢疾患者做粪便涂片和乙状结肠镜检查时，可能发现肠黏膜正常或仅有散在的溃疡，该病容易并发肝脓肿。