病原学：菌痢由志贺菌所致；阿米巴痢疾由阿米巴原虫所致。

流行病学：菌痢散发，可引起流行；阿米巴痢疾多为散发。

全身症状：菌痢全身症状重，多伴发热，毒血症明显；阿米巴痢疾全身症状轻，多不发热，毒血症少见。

胃肠道症状：菌痢腹痛重，有里急后重，腹泻频次>10次/天；阿米巴痢疾腹痛轻，无里急后重，腹泻数次/天。

腹部压痛：菌痢以左下腹压痛多见；阿米巴痢疾以右下腹压痛多见。

粪便检查：菌痢患者的粪便量少，粘液脓血便，鲜红或红色胶冻状，镜检满视野大量成堆白细胞，散在红细胞，粪便培养志贺菌阳性；阿米巴痢疾患者的粪便量多，暗红色果酱样，腥臭，镜检成串的陈旧红细胞，少量白细胞，常有夏科-雷登结晶，有阿米巴滋养体。

结肠镜：菌痢患者的肠黏膜米慢性充血、水肿，浅表溃疡；阿米巴痢疾患者可见散在溃疡，烧瓶样，溃疡间黏膜正常。