首先取决于三要素：菌致病力，人体抵抗力和细菌数量。

细菌经口进入穿过胃酸屏障，侵袭和生长在结肠黏膜上皮细胞，经基底膜进入固有层，释放毒素，引起肠黏膜炎症，以弥漫性纤维蛋白渗出炎症为主，地图状溃疡。还可释放内毒素引起全身微循环衰竭感染性休克表现为中毒性菌痢。