细菌性痢疾：病原菌为志贺菌；全身症状较重，多有发热、毒血症；腹痛重且伴里急后重，左下腹压痛多见；粪便呈黏液脓血便，含有大量白细胞、脓细胞；粪便志贺菌培养阳性。

阿米巴痢疾：病原菌为溶组织内阿米巴；全身症状轻，多不发热，毒血症少见；腹痛轻且无里急后重，右下腹压痛多见；粪便呈暗红色果酱样，腥臭，含有少量白细胞，可有夏科-莱登结晶、阿米巴滋养体；粪便志贺菌培养阴性。