1.急性菌痢由志贺菌感染引起，可散发可流行，急性阿米巴痢疾由阿米巴原虫感染引起，多散发；

2.菌痢全身症状较重，多有发热，毒血症明显，急性阿米巴痢疾全身症状轻微，多不发热，毒血症少见；

3.前者腹痛重，以左下腹多见，伴里急后重，便次频＞10次/d，但便量少，以粘液脓血便为特征，便细菌培养志贺菌阳性，后者腹痛轻，以右下腹多见，无里急后重，腹泻数次/d，便量多，呈暗红色果酱样便，镜检常有夏科-雷登结晶，可发现阿米巴滋养体，便细菌培养志贺菌阴性；

4.前者结肠镜检肠黏膜弥漫性充血、水肿，有浅表溃疡，后者结肠镜检散在溃疡，烧瓶样，溃疡间黏膜正常。