1.病因不同，引起细菌性痢疾的病原体主要是痢疾杆菌，属于细菌一类的微生物；而阿米巴痢疾是溶组织阿米巴原虫引起，阿米巴属于原虫类的，属于寄生虫，这是病因的不同。

2临床表现不同，细菌性痢疾以结肠的化脓性的炎症和溃疡性的炎症为基本的病理表现，主要表现为左下腹痛、粘液脓血便、里急后重这些症状；而阿米巴痢疾病位在盲肠、升结肠，主要是出现右下腹痛、腹泻，排暗红色果酱样的大便。